Tuy nhiên, cá hồi nuôi có thể chứa hàm lượng cao chất dioxin. Mức PCB có thể lên đến trong cá hồi nuôi cao hơn so với cá hồi hoang dã tám lần, nhưng vẫn còn thấp hơn nhiều so mức được coi là nguy hiểm.[12][13][14] Tuy nhiên, theo một nghiên cứu được công bố trên Tạp chí của Hiệp hội Y khoa Mỹ 2006 đã cho biết những lợi ích của việc ăn cá hồi nuôi thậm chí vượt xa bất kỳ rủi ro bị áp đặt bởi các chất ô nhiễm[15] Thịt cá hồi có thể chứa Anisakis tuyến trùng, ký sinh trùng gây bệnh Anisakiasis biển.

Trên thế giới, sản phẩm "Whiskey Cured and Oak Smoked Salmon". Cơ quan Tiêu chuẩn thực phẩm của Anh có thông báo Công ty Thủy sản Fine (Fine Seafood) của nước này đã tiến hành thu hồi sản phẩm thịt cá hồi hun khói được bao gói sẵn (trọng lượng 70g) mang tên "Whiskey Cured and Oak Smoked Salmon" do nhiễm Listeria monocytogenes ở mức cao. Cục quản lý Thực phẩm và Dược phẩm Mỹ (FDA) thông báo Công ty Eugene Oregeon, Inc. đã công bố tự nguyện thu hồi trên toàn quốc các lô sản phẩm thực phẩm chức năng African Black Ant, Black Ant, và Mojo Risen do có chứa sildenafil và tadalafil. Theo kết quả phân tích Labo của FDA đã kết luận, các sản phẩm trên có chứa một lượng chất sildenafil và tadalafil – các hoạt chất được FDA cho phép sử dụng trong các sản phẩm dược phẩm để chữa bệnh liên quan đến tình dục ở nam.[16][17]

Vi khuẩn Listeria monocytogenes là vi sinh vật gây ngộ độc thực phẩm nguy hiểm, chúng có thể phát triển trong những điều kiện nhiệt độ (4 độ C) mà một số vi khuẩn không phát triển được. Vi khuẩn này có thể tìm thấy ở khắp mọi nơi nhất là những nơi đất ô nhiễm, rác thải, nước thải, thực phẩm nhiễm bẩn, sữa tươi và các sản phẩm chế biến từ sữa, thịt cá tươi sống và các sản phẩm của thịt cá, rau xanh.[18][19]